Общество кардинально изменило своё отношение к мутантам. Если в девяностых Людей Икс воспринимали как опаснейшую угрозу, то сейчас их начали ценить за невероятные усилия по защите человечества. Достижения мутантов признают не только обычные люди, но и представители высших политических кругов. Однажды из космоса был получен сигнал SOS — один из американских шаттлов сильно пострадал. Власти обратились к команде Чарльза Ксавье с просьбой об организации спасательной миссии. Корабль X-Jet отправился по указанным координатам...

Среди мутантов была и молодая Джин Грей. Внезапно девушка попала в эпицентр мощнейшего излучения, которое едва её не убило. Впитав чужеродную энергию, Джин постепенно раскрыла в себе уникальные силы, превратившие её в Тёмного Феникса. Случившееся также разблокировало тайну, что скрывалась в её мозгу с самого детства. Грей, наконец, узнала правду о событии, травмировавшем её ещё маленькой девочкой. Кроме того, героиня поняла, что психологическую блокаду возвёл Ксавье. Между тем, инцидент на орбите поставил под угрозу всё человечество. Происходящее с Грей хочет использовать в своих целях Вук, лидер вражеской внеземной расы. Вселенная в опасности! Способ борьбы с Тёмным Фениксом расколол Людей Икс на два лагеря...

Шесть лет назад Земля подверглась действию таинственного вируса. В результате пандемии погибли практически все дети — выжили лишь десять процентов. Уцелевшие не остались прежними — их ДНК мутировала, наделив своих носителей уникальными способностями. Разные дети обрели разные силы, например, у кого-то невероятно поднялся уровень IQ, кто-то научился подчинять себе мощь электричества, кто-то же превратился в телекинетиков. Изменившихся детей подвергли цветовой классификации: самых безопасных назвали «Синие», поскольку в момент использования своего дара их глаза становятся голубыми. Другие попали в категорию «Зелёные». Тех же, чьи глаза приобретают оранжевый или красный цвет, сочли самыми опасными и практически всех их истребили.

Руби — подросток из «Оранжевых». Девочка невероятно умна — она научилась придавать своим глазам зелёный цвет. Героиня умеет проникать в чужой разум и заставлять действовать как марионетку. Власти сочли ситуацию очень опасной, а потому детей всех возрастов отняли у родителей и отправили в спецлагеря, превратив в пленников. Доктор Кейт, работающая на таинственную «Лигу детей», познакомившись с Руби, помогла девушке вырваться из ловушки. Беглянка, к которой присоединились ещё трое подростков, намерена отыскать особое место — безопасное убежище. Скрываясь от охотников за головами, Руби, Чабс, Лиам и Зу рвутся к свободе...

Когда были обнаружены люди с необычными способностями, они стали изгоями, которые вынуждены жить в нищете. Остальное общество не желает пускать их в свои дома, на работу или в социальные круги. Они внесены в специальную базу и контролируются полицейскими беспилотниками Линкольн-сити, роботизированными «Стражами», готовыми в любой момент нанести удар по мутантам. На любой законной работе, которую им разрешено иметь, люди со сверхсилами подвергаются плохому обращению со стороны руководства и имеют низкую оплату. А когда этого недостаточно, единственным вариантом остаётся преступная жизнь, где их возможности используются для кражи, разрушения и убийства.

Недавно мутанты стали «популярны». Это произошло из-за использования их спинномозговой жидкости в качестве наркотического препарата «Психея». Коннор Рид, умеющий генерировать электрическую мощь, сделает всё, чтобы заплатить за лечение своей матери. Даже если это означает использование его способностей каким-то незаконным образом. Подобное может вызвать очень серьёзные проблемы, если он не будет держать свою силу в тайне, как его научила мать. Однажды парень, теряющий работу за работой, был завербован Гарретом и его командой, взламывающей системы сигнализации...

В Тайбэе американскую туристку Люси встречает Ричард, парень, с которым она познакомилась в ночном клубе несколько дней назад. Новый знакомый принуждает молодую женщину доставить портфель мистеру Чану в отель. Когда она демонстрирует нежелание, он надевает на её запястье наручники  и заставляет её войти, говоря, что получатель посылки — единственный, у кого есть код, чтобы освободить руки. Внутри Люси попадает в плен под дулом пистолета. Головорезы криминального босса вынуждают её открыть кейс, в котором находятся четыре упаковки новейшего лекарства CPH4.

Когда американка пришла в себя, она обнаружила, что один из контейнеров вшит у неё в животе. Она вынуждена действовать как «мул» с наркотиками и везти посылку в США. Тем не менее, один из её похитителей пинает курьера, тем самым разрывая пакет и вызывая попадание огромного количества препарата в её кровь. Это радикально меняет систему женщины, приводя в действие неиспользованные 90% её мозга. Девушка смогла разорвать свои узы и сбежать. Осознав, что у неё всё больше сил, в том числе способность быстро приобретать знания, манипулировать своим телом, материей, контролировать других людей и видеть сквозь предметы, героиня отправляется в поиски по всей Европе, чтобы добраться до профессора Стэнли Нормана, учёного, который может понять её новооткрытое состояние...