В Мадагаскаре Алекс, Марти, Глория и Мелман по-прежнему мечтают вернуться в Нью-Йорк. С помощью пингвинов они восстанавливают старый самолет, но их полет заканчивается аварийной посадкой в Африке. По удивительному стечению обстоятельств, они попадают в заповедник, где Алекс обнаруживает свою настоящую семью — прайд львов, из которого он был похищен в детстве. Эмоциональное воссоединение с родителями открывает для него новую главу жизни, о которой он и не подозревал.

Пока Алекс узнает о своем происхождении и пытается вписаться в жизнь прайда, его друзья тоже находят свое место в новом окружении. Марти присоединяется к стаду зебр и сталкивается с кризисом идентичности, Глория начинает романтические отношения с харизматичным бегемотом Мото-Мото, а Мелман неожиданно становится племенным врачом жирафов. Однако их африканская идиллия оказывается под угрозой, когда возникают непредвиденные проблемы, и друзьям предстоит вновь сплотиться, чтобы преодолеть новые испытания.