В немецком городке Винден раскрывается мрачная семейная сага, когда после самоубийства Михаэля Канвальда начинают происходить необъяснимые события. Его сын Йонас, вернувшись из психиатрической клиники, оказывается втянутым в тайну, когда исчезает школьник Эрик, а вскоре пропадает и Миккель – младший брат его бывшей возлюбленной Марты. Полицейский Ульрих Нильсен, отец Миккеля, видит связь между текущими исчезновениями и пропажей своего брата Мадса в 1986 году. Ситуация становится ещё более загадочной, когда обнаруживается тело ребёнка в одежде из 80-х, а в городе появляется таинственный незнакомец.

Постепенно жители Виндена оказываются вовлечены в паутину секретов, где у каждого есть что скрывать – от любовных интриг до тёмных тайн прошлого. Атомная электростанция, стоящая посреди леса, и таинственная пещера рядом с ней, похоже, играют ключевую роль в происходящих событиях. Сложные взаимоотношения четырёх семей города переплетаются в этой головоломке времени, где прошлое, настоящее и будущее могут оказаться гораздо ближе друг к другу, чем кажется на первый взгляд.

Действия фильма разворачиваются после событий предыдущей части. Майлз уже успел стать повзрослевшим юношей. Именно он после смерти Питера Паркера стал Человеком-пауком. Эксперименты Кинг Пина с портальным оружием удалось предотвратить лишь с помощью других паучих супергероев. После спасения мира все они разбрелись по своим вселенным.
Однако новая угроза вновь объединит супергероев. Смогут ли они противостоять новым опасностям и в очередной раз предотвратить гибель человечества. Ставки в этой игре слишком высоки, но у счастью Мвйлз уже не тот зелёный юнец, которым был раньше. Теперь в его руках судьба многих миров.

Барри Аллен работает судебно-медицинским следователем. Всё время он проводит в своей лаборатории и посвящает всего себя только науке. Однако несчастный случай приводит к тому, что он получает сильную дозу химического вещества. Но, отравившись ядом, этот молодой ученый не умирает. Это вызывает удивление у него самого. У парня отсутствуют летальные повреждения. Наоборот Барри замечает, что изменился и получил новую способность. Теперь он может в отличие от других людей передвигаться со скоростью света. Это поражает его. Он решает изменить свою жизнь навсегда.

Аллен бросает свою лабораторию и отказывается от научной деятельности. Теперь юноша во всю применяет свою паранормальную силу. Он начинает считать себя супергероем, берёт себе новое имя. Теперь его зовут Флэш. Барри хочет использовать свой дар, чтобы устранить личную трагедию, которая случилась в его жизни много лет назад. Он отправляется в прошлое с целью предотвратить гибель собственной матери, которая трагически ушла из жизни, когда он был ещё ребёнком. Но совершая вторжение в пространственно-временной континуум, возникают разломы. В результате по неосторожности Барри попадает в альтернативную реальность.