Питер Паркер готовится к школьной поездке в Европу и обсуждает с Недом, как признаться МДж в своих чувствах. Но после «Щелчка» вернуться к привычной жизни непросто: ученики, исчезнувшие в пыль, обнаруживают, что за время их отсутствия младшие успели вырасти. В школе Мидтауна выпуск новостей открывается данью памяти Тони Старка, Стива Роджерса, Наташи Романофф и Вижена. Для Питера потеря Старка оборачивается ещё и ожиданиями окружающих, которые видят в нём будущего преемника Железного человека.

Тем временем Ник Фьюри и Мария Хилл прибывают в мексиканский город, чтобы разобраться в происхождении необычного циклона «с лицом». Расследование приводит их к столкновению с Элементалем, управляющим землёй. В борьбу вмешивается Квентин Бек — загадочный герой в высокотехнологичном костюме. Он приходит на помощь Фьюри и Хилл, и вместе они вступают в бой с существом.

На благотворительном вечере Питера поддерживает тётя Мэй, а Хэппи предупреждает его о предстоящем звонке Фьюри. Однако Питер оставляет вызов без ответа: сейчас его занимают поездка и возможность сблизиться с МДж. Репортёры, напротив, требуют от него стать новым Железным человеком. Уходя от их вопросов, Питер пытается отстоять право на собственные планы — пока окружающие уже отводят ему совсем другую роль.

Нью-Йорк, наши дни. В городе, где небоскрёбы смыкаются над улицами, а каждый переулок хранит чью-то тайну, судьба сводит вместе трёх героев, чьи представления о справедливости несовместимы. Человек-паук — парень, привыкший брать ответственность за чужие ошибки, — вновь оказывается в центре опасного противостояния. Он пытается остановить угрозу, но его методы вызывают подозрения у Карателя: тот привык вершить расправу жёстко, без компромиссов и сомнений. А там, где напряжение достигает предела, появляется Халк — и любое недоразумение мгновенно оборачивается разрушительной схваткой.

Герои вступают в конфликт друг с другом, и каждый видит в противнике источник бед. Паучьи сети, карающие выстрелы и сокрушительная мощь сталкиваются в вихре взаимного недоверия. Но постепенно разрозненные факты складываются в тревожную картину: их столкновение — не случайность. Кто-то намеренно стравил их, наблюдая со стороны за тем, как хаос пожирает город. Чтобы выстоять, вчерашним врагам придётся объединиться и отыскать того, кто скрывается в тени и дёргает за нити. Иначе следующий удар обрушится на них самих — и на всех, кто окажется рядом.

После событий, показанных в «Первом мстителе: Противостояние», 15-летний Питер Паркер возвращается домой, пытаясь балансировать между обычной жизнью старшеклассника и своей тайной супергеройской деятельностью. Под чутким наставничеством Тони Старка юноша осваивает новый высокотехнологичный костюм, но больше всего мечтает доказать, что достоин стать полноправным членом команды Мстителей. Когда обычные школьные проблемы: уроки, социальная неловкость и первая влюбленность – переплетаются с необходимостью защищать город, Питер сталкивается с настоящим испытанием своих способностей.

Ситуация осложняется появлением нового опасного злодея – Стервятника, который создаёт и продаёт оружие, изготовленное из инопланетных технологий. Вооруженный только своими паучьими способностями, находчивостью и стремлением делать добро, Питер должен не только остановить преступника, угрожающего всему, что ему дорого, но и доказать самому себе, что быть героем – это не только про костюм и способности. Фильм показывает историю взросления обычного подростка с необычными способностями, который учится принимать ответственность за свою силу и понимать, что значит быть настоящим героем.

Питер Паркер изо всех сил старается привыкнуть к своей новой жизни в мире, где каждый человек знает что он супер-герой. Долгое время паучку удавалось скрывать свою личность. Но, его последнее сражение с коварным и безжалостным Мистерио, навсегда лишило Паркера возможности спокойно гулять по улицам своего города. Во время кульминации дроны злодея передавали все, что происходит на экраны больших телевизоров. И, все увидели его искаженную картину развития событий. Теперь за Питером охотятся не только толпы обожателей, но и полиция. Поскольку, его подозревают в преднамеренном убийстве одного из защитников Земли.

Чтобы исправить это недоразумение, человек-паук обращается за помощью к тому, кто способен повелевать временем и пространством. Доктор Стрендж соглашается провести ритуал и стереть из памяти мира ту самую битву с Мистерио. Однако, из-за ошибки великого мага Вселенная раскалывается на множество параллельных миров. Из этих отражений начинают появляться, как старые друзья, так и зловещие враги, которых Паркер уже давно похоронил. Одному в этой неразберихе, паучку точно не выжить. Так что, ему срочно необходимо собирать команду, как из старых, так и из новых, неожиданных союзников.